流動相溶液往往因溶解有氧氣或混入了空氣而形成氣泡。氣泡進入檢測器后會在色譜圖上出現尖銳的噪音峰。小氣泡慢慢聚集后會變成大氣泡，大氣泡進入流路或色譜柱中會使流動相的流速變慢或出現流速不穩定，致使基線起伏。氣泡一旦進入色譜柱，排出這些氣泡則很費時間。在熒光檢測中，溶解氧還會使熒光淬滅。溶解氣體還可能引起某些樣品的氧化或使溶液pH值發生變化。

流動相脫氣是系統能得到可靠數據的一個很有效的措施。HPLC 泵在輸送液體時要產生很大的力量，由于氣體的壓縮比與液體相比大的多，因而當氣泡存在時，我們發現瞬間的流速降低和系統壓力下降。如果這個氣泡足夠大，液相泵將不能輸送任何溶劑，而且如果壓力低于預先設定的壓力低限，泵將停止工作。當一個氣泡通過輸液泵時，由于系統壓力大，氣泡通常會溶解在流動相溶液中，隨流動相通過柱子。但是到達檢測器流通池時系統壓力又恢復到了大氣壓，因而氣泡可能在檢測器流通池中又顯現，在色譜圖上會出現不規律的毛刺。